Однажды хакер Томас Андерсон обнаруживает, что действительность девяностых годов - не более, чем виртуальная подделка. На самом деле время ушло далеко вперед, и люди, которые думают, что живут, любят и работают, в реальности погружены в глубокий летаргический сон и содержатся в специальных контейнерах, служа источниками жизненной энергии для таинственных электронных монстров. Горстка бодрствующих отщепенцев во главе с невозмутимым гуру Морфеусом пытается разрушить зловещий морок. И Андерсон, который в настоящем мире носит имя Нео, должен стать их мессией...
Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.
Пока армия Машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону. Но удастся ли им предотвратить полное вторжение в город кишащей орды беспощадных машин до того, как Нео соберет все свои силы и положит конец войне?